http://www15.atwiki.jp/daisukem/ daisukem @ wiki ja 2012-02-14T14:12:08+09:00 http://www15.atwiki.jp/daisukem/pages/2.html **メニュー -[[トップページ]] -[[メニュー]] -[[cdview for ubuntu]] -[[desmond]] -[[graphic driver install]] -[[gromacs tips]] -[[tex for ubuntu]] -[[openmp]] -[[Makefile]] -[[Intel® Software Network Non-Commercial Software]] -[[ImageMagick]] -[[Programming]] -[[pdf-xchange viewer for ubuntu]] -[[Quantum Mechanics]] -[[vmd for ubuntu]] -[[ubuntu tips]] -[[ruby tips]] -[[tinker tips]] 2012-02-14T14:12:08+09:00 http://www15.atwiki.jp/daisukem/pages/26.html -[[Fortran 90]] &bold(){Profiling} >% ifort -p -o hoge.out hoge.f >% ./hoge.out >% gprof hoge.out gmon.out 2012-02-14T14:11:37+09:00 http://www15.atwiki.jp/daisukem/pages/34.html >% sudo apt-get update >% sudo apt-get upgrade >% sudo apt-get install build-essential >% sudo apt-get install dpkg-dev ***ツールを探す方法(apt-fileの導入) >% sudo apt-get install apt-file >% sudo apt-file update 例えばGL/glut.hを探すときには。。。 >% sudo apt-file search GL/glut.h ---- **** ubuntu firewall設定 >% sudo ufw allow ssh/tcp >% sudo ufw allow http/tcp >% sudo ufw enable ---- -sshd設定 >%sudo apt-get install openssh-server ---- **** WARNING: REMOTE HOST IDENTIFICATION HAS CHANGED!対処 ホスト側の.ssh/known_hostsのなかのクライアント情報が書いてある行を削除 ---- **** historyの設定 ~/.bashrcに下記の内容を追記 >HISTFILE=~/.bash_history >HISTSIZE=50000 >HISTFILESIZE=50000 ---- **** 異なるターミナル間でのhistoryの共有 ~/.bashrcに下記の内容を追記 >function share_history { >history -a >history -c >history -r >} >PROMPT_COMMAND='share_history' >shopt -u histappend >export HISTSIZE=9999 ---- *** キーボードレイアウトのバグ(Happy Hacking) 1. システム→設定→キーボード 2. キーボードの形式をHappy Hacking Keyboard for Macに設定 3. レイアウトの追加で日本を選択 4. 古いレイアウトを削除する。 ---- *** flash playerを使えるようにする。 >% sudo apt-get install flashplugin-nonfree ---- *** pdf文字化け対処 >% sudo apt-get insall xpdf-japanese >% sudo mkdir -p /usr/share/poppler/cidToUnicode >% sudo ln --symbolic /usr/share/xpdf/japanese/Adobe-Japan1.cidToUnicode /usr/share/poppler/cidToUnicode/Adobe-Japan1 >% sudo mkdir -p /usr/share/poppler/cMap >% sudo ln --symbolic /usr/share/fonts/cmap/adobe-japan1 /usr/share/poppler/cMap/Adobe-Japan1 ---- *** Keycode設定 >% vi .Xmodmapの編集 >keycode 51 = bracketright braceright bracketright braceright bracketleft braceleft >keycode 131 = Alt_L Meta_L Alt_L Meta_L Alt_L Meta_L >% xmodmap .Xmodmap ---- *** flashplayer(64bit)のインストール [[64bit版tar.gzをダウンロード>http://labs.adobe.com/downloads/flashplayer10.html]] >% tar xvfz flashplayer_square_p1_64bit_linux_091510.tar.gz >% mkdir ~/flashplayer >% cp libflashplayer.so ~/flashplayer >% mkdir ~/.mozilla/plugins >% ln -s /home/murakami/flashplayer/libflashplayer.so ~/.mozilla/plugins/libflashplayer.so ---- *** ipad(iOS5)をマウント >% sudo apt-get install libimobiledevice-utils >% idevicepair pair ---- *** コンソールからテキスト(groファイル)内の文字を置換( h→ha) >%perl -p -i.bak -e 's/ h/ha/g' *.gro ---- 2012-02-09T20:24:41+09:00 http://www15.atwiki.jp/daisukem/pages/39.html *整数format変換 3 → 003 へ > a = 3 > b = "%03d" % a ---- 2012-01-27T18:10:01+09:00 http://www15.atwiki.jp/daisukem/pages/38.html >% sudo apt-get update >% sudo apt-get upgrade >% sudo apt-get install build-essential dpkg-dev libfftw3-dev openmpi* libopenmpi-dbg libopenmpi-dev libxml2-dev ---- *gromacs(Openmpi)インストール >% wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-4.5.3.tar.gz >% tar xvfz gromacs-4.5.3.tar.gz >% cd gromacs-4.5.3 >% ./configure --enable-mpi --program-suffix="_openmpi" --with-fft=fftw3 --enable-double --enable-shared MPICC=/usr/bin/mpicc.openmpi CC=/opt/intel/Compiler/11.1/073/bin/intel64/icc >% make >% sudo make install ---- *gromacs実行 >% grompp_openmpi >% mpirun.openmpi -np 4 mdrun_openmpi ---- *gromacs-gpuインストール **cuda環境構築 [[NVIDIAのHP>http://www.nvidia.co.jp/object/cuda_home_new_jp.html]]からドライバ、cudatoolkit(3.x), SDKをDownload ***ドライバのinstall Ctrl+Alt+F2でコンソール画面に入る。 >% sudo /etc/init.d/gdm stop >% sudo sh NVIDIA-Linux-x86_64-260.19.44.run ・・・・ 再起動 ***cudatoolkit3.2のinstall(gromacsのHPによると3.xしか対応してないっぽい) >% sudo sh cudatoolkit_3.2.16_linux_64_ubuntu10.04.run >% export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/cuda/lib64:/usr/local/cuda/lib >% export PATH=$PATH:/usr/local/cuda/bin ***SDKのinstall >% sh gpucomputingsdk_3.2.16_linux.run ***cuda環境構築テスト >% cd ~/NVIDIA_GPU_Computing_SDK/C/ >% make makeが通れば~/NVIDIA_GPU_Computing_SDK/C/bin/linux/release以下に様々なサンプルbinaryが出来ている。 自分の場合はmakeの際に下記のエラーが出た。 >% /usr/bin/ld: cannot find -lXi >% /usr/bin/ld: cannot find -lXmu シンボリックリンクを作成して対応。 >% sudo ln -s /usr/lib/libXi.so.6.1.0 /usr/lib/libXi.so >% sudo ln -s /usr/lib/libXmu.so.6.2.0 /usr/lib/libXmu.so **OpenMM(ver2.0) [OpenMM version2.0>https://simtk.org/project/xml/downloads.xml?group_id=161] からGromacsOpenMM2.0-Linux64.zipをdownload >% unzip GromacsOpenMM2.0-Linux64.zip ---- 旧情報 1. MPICHのインストール >% sudo apt-get source mpich >% sudo chown -R &italic(){name}.&italic(){name} mpich-1.2.7 >% cd mpich-1.2.7 >% ./configure --with-device=ch_p4 --prefix=/usr/local/mpich-1.2.7/ch_p4 --with-common-prefix=/usr/local/mpich-1.2.7 >% make >% sudo make install 2. ssh server install >% sudo apt-get install openssh-server 3. PATH追加 >% export PATH=$PATH:/usr/local/mpich-1.2.7/ch_p4/bin 4. mpich動作テスト >% mkdir examples ; cd examples >% cp /usr/local/mpich-1.2.7/ch_p4/examples/* . >% make >% mpirun -np 1 cpi >% mpirun -np 2 cpi >% mpirun -np 8 cpi --- suseだとfftw3のinstall時にfloatとdoubleの2種類のconfigure→installしないと、gromacsのconfigureが通らない。 ---- *gromacs(MPI)インストール >% wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-4.0.2.tar.gz >% tar xvfz gromacs-4.0.2.tar.gz >% cd gromacs-4.0.2 >% export CPPFLAGS=-I/usr/include >% export LDFLAGS=-L/usr/lib >% ./configure --enable-mpi --disable-nice --program-suffix="4" --with-fft=fftw2 --enable-double >% ./configure --enable-mpi --disable-nice --program-suffix="_mpi" --with-fft=fftw2 --enable-double --enable-shared >% make >% make install exec_prefix=/users/name prefix=/usr/gromacs or >% sudo apt-get install gromacs-mpich *gromacs実行 >% grompp_d >% mpirun -np 8 mdrun_mpi.mpich 2011-04-09T17:24:21+09:00 http://www15.atwiki.jp/daisukem/pages/37.html *プロフィール ---- **[名前] ***Daisuke Murakami **[所属] ***K大、S社 **[専門分野] ***古典分子動力学シミュレーション ***タンパク質と水 **[言語] ***Fortran ***Ruby **[OS] ***Ubuntu ***Mac os x ***Windows **[趣味] ***筋トレ ***居酒屋めぐり ***数式の深い理解 ***携帯電話 **[好物] ***レバ刺し ***ベルギービール ***魚刺身 ***きくらげ ***坦々麺 2011-04-09T16:52:53+09:00 http://www15.atwiki.jp/daisukem/pages/13.html &bold(){参考サイト} [[https://wiki.ubuntulinux.jp/JapaneseLocalizedDerivative/LaTeXForJapanese]] &bold(){スタイルファイル場所} /usr/share/texmf-texlive/tex/latex/tools/ multicols → multicol &bold(){inkscapeの導入} >% sudo apt-get install inkscape -epsファイルの作成 --- &bold(){for ubuntu 10.04 LTS} http://d.hatena.ne.jp/vividcode/20100528/1275064819 --- &bold(){for ubuntu 10.10} http://hareyukii.blog6.fc2.com/blog-entry-251.html 2010-12-24T20:35:11+09:00 http://www15.atwiki.jp/daisukem/pages/20.html [[Intel® Fortran Compiler Professional Edition for Linux>https://registrationcenter.intel.com/RegCenter/AutoGen.aspx?ProductID=1322&AccountID=&EmailID=&ProgramID=&RequestDt=&rm=NCOM&lang=]] -上記のサイトからnon-commercial版 Product for IA-32をゲット ---- -解凍&インストール >% tar xvfz l_cprof_p_11.1.059_ia32.tgz >% cd l_cprof_p_11.1.059_ia32/ >% sudo ./install.sh ---- -~/.bashrc に下記を追加 >% source /opt/intel/Compiler/11.1/0??/bin/ifortvars.sh ia32 - ~/.bashrc読み込み >% source ~/.bashrc ---- -for ubuntu10.0.4 64bit [[libstdc++5の入手>http://packages.debian.org/stable/base/libstdc++5]] >% sudo dpkg -i libstdc++5_3.3.6-18_amd64.deb /usr/lin32以下にもlibstdc++.so.5をコピー ---- java(jre) >% sudo apt-get install default-jre ---- g++ >% sudo apt-get install g++ ---- &italic(){不足しているオプションの必要条件をスキップする} 無視してインストール作業を続ける。 ---- 2010-06-29T19:42:31+09:00 http://www15.atwiki.jp/daisukem/pages/36.html ***参考ページ http://homepage2.nifty.com/eman/quantum/contents.html 2010-03-25T14:54:56+09:00 http://www15.atwiki.jp/daisukem/pages/31.html ***[[1. 開発サイトからfree version(zip)をdownload>http://www.docu-track.com/product/pdf-xchange-viewer]] ***2. 解凍 >% unzip PDFXVwer.zip ***3. wine導入(windows用ソフトをlinux上で動かすツール) >% sudo apt-get install wine ***4. xchange viewerインストール >% wine PDFXVwerSE.exe ***5. 起動後の設定 起動するとメニューが文字化けしているので下記のように設定しなおす。(設定後は英語ですけど) >メニューの左から２番目(編集)→一番下(環境設定)を開く。 >左側のカテゴリの上から6番目（言語）をクリック。 >右側のカテゴリの"アプリケーションの規程の言語を使用する"にチェックを入れて適用。 2010-02-09T22:07:25+09:00