コメントログ - 植物病理学 @Wiki

• カキコさせて頂きます。
  レタスのレポートを書く上で一つポイントになるのが統計処理だと考えられますが
  どんな手法orツールでやるのがベストなんでしょうか。
  分散ツールを使う場合は調査項目（５コ）×実験区＆対照区（３組）で最低１５回
  やらないといけないみたいですが・・・。なんかもっと効率よくできる方法ないかなぁ。
  そんなこと妄想する前に統計学もう一度うけたほうがいいかorz -- (エチレモン) 2006-06-27 00:47:34
• a
  -- (エチレモン) 2006-06-27 00:54:50
• ペアの数だけ2平均の検定を行うというのがそもそも問題ありですよ．
  １ペアならば帰無仮説が棄却される危険度は0.05ですが，これを例えば3回繰り返せば危険度は1-0.95^3となり，すこし高くなってしまう．
  いわゆる「検定の多重性」というやつ．
  要するに「最低15回」というのがそもそも間違いで，5項目それぞれの検定は「各１回で終わらせないと」駄目なんです．残念！
  まーでも「別に繰り返して検定してもいいじゃん」派もいるらしいので，別に繰り返してやっても良いのかもしれない．
  
  でー，コレを解決するために行うのが多重比較とか対比較とかいうやつ．
  具体的にはフィッシャーのLSDとかボンフェローニ法とか．流行はチューキーのHSD法だそうです．
  
  ちなみに，伝統的な方法だと「分散分析を行って有意だった」→「多重比較」という流れらしいのでまずは分散分析を行いましょう． -- (R) 2006-06-27 16:45:38
• う～ん・・・チューキーのHSD法は各群のデータ数が同じでないと
  ﾀﾞﾒじゃなかったっけ？わかりやすい多重比較の手法求む。
  てかそもそもレタスデータそこまで分析する必要ってあるのかしらﾝ
  -- (エチレモン) 2006-06-27 19:53:36
• そろそろやらないとまずいかしらん？！ -- (ブラシノライどん) 2006-06-27 21:30:52
• ぶっちゃけ各ペアごとｔ検定しても何の問題も無いと思う．
  だってレタスだもの． -- (R) 2006-06-28 00:16:19
• こんなの見つけた．
  http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/testdocs/tomocom/mokuji1.htmlまだ試用期間中とのことなので一応注意．
  試しに葉数入れてみたところN欠-P欠のペア以外で5%レベルの有意さの差が見られた． -- (R) 2006-07-01 14:14:46
• さっそく使わせて頂こう -- (エチレモン) 2006-07-02 22:13:04
• 件名：『結局、どれ使えばいい？』
  多重検定は必要かな？　みんなはどれ使ってる？ -- (ブラシノライどん) 2006-07-04 18:51:15
• （上のリンク先で） -- (ブラシノライどん) 2006-07-04 18:52:10
• 僕はTukeyの方法でやってみた。
  対照区との比較がけならDunnettの方法でもいいのではないだろうか。 -- (エチレモン) 2006-07-04 20:58:33
• 確かに葉数では、N-P（P > 0.05 ）以外で有意差が認められるね。 -- (ブラシノライどん) 2006-07-04 22:02:10
• 全く関係ないけど、火曜の演習つながりで。
  http://www.boreas.dti.ne.jp/~kodo/food/food.pdf&br()とりあえずみてみんしゃい。ちなみにあんまり役には立ちませんが、面白いです -- (エチレモン) 2006-07-04 22:07:07
• .pdfの後ろの
  はいりません -- (エチレモン) 2006-07-04 22:10:08
• てか差が見られないのは葉数のN-P区間だけ・・・つまらん・・・。 -- (ブラシノライどん) 2006-07-04 22:35:34
• あんまり役に立たない？！まさか・・・そのまんまじゃん。でも一番の突っ込みどころは
  この研究をしているのが農学部ではなくて経済学部ってとこかな。やっぱ農業経済は経済学部へ・・・ -- (ブラシノライどん) 2006-07-04 23:00:21
• 地域科学部でも良い気がするよ。
  一つ聴きたいことがあるんだけど、ギバちゃんの実習で植えたイネの品種って
  なんだっけ？プリント見ても書いてない・・・誰かおしえてください -- (エチレモン) 2006-07-05 20:09:33
• 調べたけど分からない。でも先生は田植えの時に確かに言ってた。orz -- (ブラシノライどん) 2006-07-05 21:56:17
• ハツシモかコシヒカリのどっちかだったはず。田植えの時期的にみてコシヒカリかなぁ -- (エチレモン) 2006-07-05 23:01:56
• あきたこまちとメモってありますが -- (R) 2006-07-05 23:18:41
• GOOD　Job！あきたこまちなんて思いもよらんかった。
  岐阜ではあきたこまちはマイナーなお米ですヨ。
  http://www.gf.zennoh.or.jp/gifumai/info/motto/motto.html -- (エチレモン) 2006-07-06 00:03:51
• post hoc 検定の有意差の出し方の違い。
  ①２群の組み合わせすべてを比較する検定
  A,B,C群の比較の場合　→　A-B、B-C、C-A　の比較をする
  ○Turkey-Kramer, Bonferroni/Dunn
  ●Scheffe, Games-Howell, Fisher's PLSD, Student-Newman-Keuls
  
  ②決められたコントロール群に対して各群を比較
  Control-A,Control-B,Control-c　と比較する
  ○Dunnet
  ●Bonferroni/Dunn
  
  ※○…分散分析で有意差が出なくても使用可能
  ●…分散分析で有意差が出ないと使えない。使っても意味無い。
  
  正規性必要…Fisher, Turkey-kramer, Student-N-K,Bonferroni/Dunn, Dunnet
  正規性不要…Scheffe, Games/Howeell
  
  
  某掲示板より勝手に転載．
  コントロールとの比較にはコントロールの比較の方法があるのね．
  やっぱ3回とはいえt検定の繰り返しは危ない気がする．危険度が15%くらいになるし． -- (R) 2006-07-08 11:02:26
• ｔｕｋｅｙでも問題ないと勝手に判断してレポートつくってます。
  イネのことだけど、葉面積とか乾物重って各群に一つしかデータないけど
  分散分析とか多重検定する必要あるか？
  -- (エチレモン) 2006-07-08 11:17:27
• あれは生長解析に使うデータでは？ -- (R) 2006-07-08 12:16:14
• なるほど。じゃぁ統計処理するのは分げつと草丈だけでええか -- (エチレモン) 2006-07-08 13:33:13
• 山口県立大学の中澤港という先生の統計学の講義のHP(http://phi.ypu.jp/stat.html)が参考になります．テキストの項目には教科書まるまる一冊アップされてます．
  
  で，この本の脚注にて「ただし，対照群が他の群との比較のすべての場合において差があるといいたい場合は，多重比較をするのではなくて，t 検定を繰り返して使うのが正しい」との記述があります．
  とすると今回の場合はt検定を繰り返して行うという方法のが正しい？
  
  というか今回の検定ってのは「処理の効果が有ったか否か」を検定するだけで良いの？
  レタスのプリントには「グラフから得られた事項を」文章化して記載，とあるから検定から結果(考察)を出すのはお門違いということなのでしょうか．
  うーん．ますます分からなくなってまいりました． -- (R) 2006-07-08 19:30:32
• やっぱレタスはt検定で済ますことにします．多分検定は重要なポイントじゃないしね．
  ちなみに分析ツールよりttest関数のほうが楽で良いだに． -- (R) 2006-07-08 23:24:08
• 俺はアベシのレポートに明け暮れて、まだレタスも稲もまだだよ・・・・・・・（泣） -- (ブラシノライどん) 2006-07-09 15:59:57
• やっぱりアベシのレポートはやっていかないとﾀﾞﾒなのか -- (エチレモン) 2006-07-09 21:59:29
• イネについて。
  分散分析とかやったけど、差がみられるのはいっちゃん最初にやった苗箱のやつだけで、
  あとの２回の調査からは全く有意差がみられません
  （唯一差がみられるのは一回目の圃場調査の草丈と分げつがブロックで有意）
  私の検定はまちがってるのでしょうか。てかこんなんだとクリエイティブな考察しかできねー
  -- (エチレモン) 2006-07-13 23:10:31
• やばい、誰か助けて。。。
  プリントを実験室でなくしてしまった。orz
  そこでなにをやるのかメモってあったのがわからない。やることって結局、分げつ（茎数）と葉丈の分散分析と生長解析だったと思うけど生長解析の式を教えて！！
  -- (ブラシノライどん) 2006-07-14 23:03:29
• CGR＝（W2－W1）/（ｔ2－t1）
  やってみたけど差はみられなかったよ。みなさんはどうなりましたか
  -- (エチレモン) 2006-07-14 23:58:39
• 生長解析は第1回と3回目でやった？それとも2回-3回でやった？ -- (ブラシノライどん) 2006-07-15 09:42:41
• ２－３で、しかも全乾物量でやった。１でなぜか苗箱間に差がでてしまったから、１にはふれていない。 -- (エチレモン) 2006-07-15 09:50:55
• なるほどＮ0でだいたいどれくらいの値になった？俺は0.3くらいかな　どう？ -- (ブラシノライどん) 2006-07-15 10:06:39
• う～ん・・・こんな感じになった。
  反復　　CGR(g/㎡/day）
  Ⅰ 1.682
  反復　　CGR(g/㎡/day）
  Ⅱ 2.065
  反復　　CGR(g/㎡/day）
  Ⅲ 0.381
  
  あれは4株のデータだから、ｇ/㎡になおしてやったよ。１㎡に２２．２２・・株あるから、
  4株のデータを５．５倍してやった。
  -- (エチレモン) 2006-07-15 10:46:15
• そうか、そういえばそうだった。ありがとう -- (ブラシノライどん) 2006-07-15 11:34:45
• どういう計算でそうなった？おれはならんのだけど
  Ⅰの1.682の計算式を書いてくれない？ -- (ブラシノライどん) 2006-07-15 11:48:49
• 分母は７月５日ー６月７日で２８になるじゃん。（日付まちがってないよな）
  そんで、分子は乾物全部足して９.５６－０.９９９で８．５６１になるじゃん。
  んで分子を分母でわると０.３０５７５になるから、それを５.５倍すると１．６８になる -- (エチレモン) 2006-07-15 12:30:35
• 俺もN0のブロック1は1.681になった．
  とりあえずファイルをアップしてみようぜ．途中だけど． -- (R) 2006-07-15 12:43:53
• 結局ＣＧＲでも有意差はみられなかったよね。 -- (エチレモン) 2006-07-17 09:33:18
• 何となく終わる目処がついた．最後のプリントの最後に載ってる「課題」ってレポートに載せる？ -- (R) 2006-07-17 21:42:23
• 良く見れば「課題」って三回ともあるな… -- (R) 2006-07-17 22:36:12
• 載せないよ。ｷﾞﾊﾞちゃんは課題について一言も触れてなかったような気が・・
  やってムダなことはやらないほうがいいし、ムダじゃないと思ったらやればいいんちゃうん？ -- (エチレモン) 2006-07-17 23:39:56
• ・・・結局考察は自分で予想できる範囲のみで書くしかないか -- (エチレモン) 2006-07-17 23:44:43
• 着果数って尻腐れとか摘果したやつは含めないよね。まともに収穫できた数をのせるよね。 -- (エチレモン) 2006-07-19 20:09:00
• とりあえずトマトのデータあげてみました。こんなカンジでいいのだろうか -- (エチレモン) 2006-07-20 14:37:04
• いいと思うよ。でさぁこのレイアウト使っても問題ないよねぇ？ -- (ブラシノライどん) 2006-07-20 18:15:46
• 問題ないと思うよ。逆にある程度形式をそろえたほうがいいんじゃないだろうか -- (エチレモン) 2006-07-20 19:56:28
• ありがとう。了解がとれたところで早速送ります。 -- (ブラシノライどん) 2006-07-20 19:59:09
• フィールドの培地ってココピートだっけ？
  -- (エチレモン) 2006-08-04 23:02:43
• イソライトCG２ってプリントに書いてあったorz -- (エチレモン) 2006-08-05 14:26:12
• はぁ疲れた。どなたか収穫データおよびSPAD値のｔ検定したデータをアップしてくれえませんか？
  まだofficeのCDが見つかってなくて・・・orz　できない。よろしくお願いします。m(_ _)m -- (ブラシノライどん) 2006-08-05 22:27:11
• やりたいのは山々なんだけど、生体重とか糖度の測定数がNFTとフィールドで極端に違うから
  どうすればいいんだろう・・・。平均でｔ検定やればいいのかな -- (エチレモン) 2006-08-06 22:15:49
• 一応、丸投げって訳にはいかないのでやり方だけ言っておくね。
  まず表の上の生体重など・・・は繰り返しのあるデータのｔ検定を単純に行えばいいと思う。
  次に表下のspadに関してだけどやり方は2つあるんじゃないかな？
  ①フィールド、NFTそれぞれ別にデータを正規化してやって1％のｔ検定にかけてまずこれから外れた値（はずれ値）をはずす。次にこれを除いた値でフィールドとNFTをｔ検定にかける方法
  ②スミノルフ法ではずれ値を探す方法。その後は①と一緒。
  どうかな？詳しくは2年の統計の教科書に書いてあるから（P25、P43-44）見てね。
  あとで途中までやったものをアップするから、頼むからよろしく。m(_ _)m
  -- (ブラシノライどん) 2006-08-07 12:22:57
• アップできました。黄色に囲ったのがはずれ値です。これをはずした上でｔ検定してください。ちなみに生体重などにはずれ値はなかったのでそのままｔ検定してください。お願いします。 -- (ブラシノライどん) 2006-08-07 13:49:51
• 僕がやった限りでは、糖度以外の項目で有意水準１％で有意差がでた。
  SPADははずれ値をはずしてもはずさなくても有意水準１％で差がでた。 -- (エチレモン) 2006-08-07 23:42:47
• できたらそのできた表が見たいんでアップしてくれない？
  -- (ブラシノライどん) 2006-08-08 11:24:54
• めんどくさかったから第１果房とか区別しなくてやったんだけど、果房ごとに
  やったほうがいいのか？ -- (エチレモン) 2006-08-08 12:14:37
• やった方がいいかもね？ところで俺の表は見てくれた？　できれば同じようにt
  検定してほしいのだが・・・。とりあえずアップしてくれない？ほんとごめん　よろしくお願いしますm(_ _)m
  -- (ブラシノライどん) 2006-08-08 13:32:15
• とりあえずアップするわ。両側検定、非等分散を仮定してやったけど、等分散のほうが正しいのかな。いまいち理解できん。 -- (エチレモン) 2006-08-08 21:27:26
• ありがとう。見てみたー。質問なんだけど分散分析表などはないようだけどいいのかな？
  ｔtestだけだと文章で統計処理の結果を書くっていうこと？（表とかは載せずに） -- (ブラシノライどん) 2006-08-09 00:53:07
• 今回は表をのせないことにした。文章だけで済ませるつもり -- (エチレモン) 2006-08-09 09:54:35
• なるほどわかりました。ありがとう。あと気温についての付録レポートってあったけどさぁ気○学のｐｐｔってもってる？ -- (ブラシノライどん) 2006-08-09 10:49:32
• インターネッツに接続出来ないので実家に帰ってきました＞＜
  統計学の本を下宿先に置いてきたので自信がないんだけど，サンプル数がかなり多く無い限りは等分散を仮定してやるんだったと思う．等分散かどうか検定して，不等分散という結果が出たときだけムズイ方のｔ検定をやるんだと思う．
  あと外れ値ってのはその原因が確実に特定できる場合（サンプリングエラーが確実なときとか）以外は外れ値と判断できてもはずしちゃいけなかった気がする．
  
  要するに一番簡単なt検定を何も考えずにやれば良いということだと思う．
  
  ところでフィールド養液栽培装置の寸法分かりますか？ -- (R) 2006-08-09 16:26:41
• ベッド長（養液調整槽含）314ｃｍ　と養液供給溝5ｃｍ、高さ17.5ｃｍ　幅60ｃｍだよ。で、誰か気○学のｐｐｔもってない
  教科書みても載ってなくてｐｐｔがないと無理。だれか要点だけでも教えて。 -- (ブラシノライどん) 2006-08-09 16:52:32
• あとやっぱりトマトのやつは、何かやらないとだめだと思うよ。 -- (ブラシノライどん) 2006-08-09 16:53:40
• てんきゅー
  ちなみに僕は気象学を受講しておらんのですが，ここなんか参考になりませんか？
  http://rms1.agsearch.agropedia.affrc.go.jp/contents/kaidai/nougyoukisyou/10-4-18-1_h.html
  
  ところで放射の影響は直感的に理解できるけど，送風ってのは重要なの？
  大気と温度計の比熱が違うとかが原因で境界層ができるのかしら？ -- (R) 2006-08-09 17:10:27
• 遮光するとある程度外部から隔離されるから、送風して外気を取り入れて、周囲の気温との温度差を埋めるためじゃない？ -- (エチレモン) 2006-08-10 12:38:43
• AIMS停止ってレポートも送れなくなるのか？困ったな…
  今日中には仕上がる予定だけどあと5時間じゃ微妙だ． -- (R) 2006-08-15 11:18:05
• さっき焦ってだした。このタイミングでＡＩＭＳ停止は厳しいね。気づいてない人いるだろうな -- (エチレモン) 2006-08-15 14:14:01
• 終わったー！
  ギリギリ間に合わなかったあああぁぁぁ
  
  メールしてみっか． -- (R) 2006-08-15 16:20:10